Nja är svaret. EU 261/2004 tittar på ankomsttid för biljetterad slutdestination. Hänvisar dock till en tråd på Flyertalk där tydligen en person lyckats med det:
Cancelled flight and 2nd flight delayed. EU 261 compensation twice or not? - FlyerTalk Forums
Det verkar bero lite på. Om du får ett nytt bokningsnummer för din nya flight av någon anledning och det är med ett annat bolag än första flighten så kanske det går. Nu senast när jag lämnade in anspråk hos SAS så hade jag samma bokningsnummer på min ombokade biljett med Lufthansa och i bokningen stod det tydligt att jag blivit ombokad pga. inställt flyg så om mitt anslutningsflyg blivit försenat i Frankfurt så hade det nog blivit svårt att dubbla, men gör ett försök och rapportera gärna hur det gick.